Một ngày nọ, có một thị trấn bị hủy diệt không để lại chút dấu vết gì. Người duy nhất sống sót sau trận hủy diệt ấy - và gã buôn lậu cô độc Takuya. Cùng với lá thư do cha Yuki để lại, họ đi đến thị trấn Lost mà không ngờ đến những thử thách đang chờ họ trước mắt. Những tổ chức bí ẩn, những âm mưu giấu kín đang chờ đợi Yuki và Takuya khi hai người càng tiến đến gần bí mật của Lost.
Theo như phiên bản hiện tại của câu chuyện (từ thời Edo), Momotarō xuất hiện từ bên trong một quả đào khổng lồ, quả đào đang trôi dạt trên dòng sông thì tình cờ được một bà lão đang giặt đồ gần đó vớt lên. Gia đình ông bà lão này đã lớn tuổi mà vẫn chưa có con, bà lão đem quả đào về nhà định bụng sẽ ăn cùng ông lão nhưng hai vợ chồng ông bà rất ngạc nhiên khi bổ quả đào ra thì thấy một cậu bé nắm trong đó.
Kindaichi có dáng vẻ của một cậu bé trung học lười biếng, ham chơi, luôn ngủ gật trong lớp, không khi nào làm bài tập. Chỉ có cô bạn gái thanh mai trúc mã Miyuki mới nhận định cậu là một thiên tài. Cùng với sự ủng hộ, tin tưởng của Miyuki, cậu đã giải quyết các vụ án ly kỳ xảy ra ở xung quanh.
Touru Soma là thành viên của Steppen Wolf, 1 nhóm hacker. Nhóm này quyết định sẽ làm một cuộc tấn công hack lần nữa bằng cách xâm nhập vào FLAK, một tổ chức quân đội lớn lập ra bởi United Nation để chống lại khủng bố mạng. Tuy nhiên, họ bị phát hiện, và Yuya chết, lãnh đạo của Steppen Wolf và bạn của Touru bị bắt.
Balsa là một lãng khách dùng cây thương của mình để cứu người nhằm bù đắp cho những sinh mạng mà cô lấy đi trong quá khứ. Trên hành trình của mình, cô giải cứu nhị hoàng tử Chagum và chấp nhận bảo vệ cậu ta khỏi những sát thủ do chính cha Chagum cử tới ...