Câu chuyện về 7 con búp bê tuyệt đẹp của Rozen một lần nữa được kể lại qua 13 tập phim. Nếu như ở series năm 2004, Sakurada Jun – nhân vật chính trong truyện – đã lên cót và phục sinh Shinku, búp bê thứ 5 trong 7 chị em búp bê Rozen Maiden và chứng kiến cuộc chiến giữa 7 con búp bê này nhằm đoạt lấy danh hiệu Alice
Lấy bối cảnh vào năm 2029, một sự rạn nứt giữa các chiều đã mở ra, với những kẻ xâm lược chiếm lấy Nhật Bản như chúng ta đã biết. Bây giờ được đặt tên là Genkoku Nippon, công dân của nó đang chịu sự giám sát của Shinkoku Nippon. Mặc dù vậy, một nhóm nhỏ được gọi là Arahabaki chiến đấu để bảo tồn những thứ họ yêu thích bao gồm anime, manga và trò chơi điện tử.
Phim chỉ dành cho đối tượng trên 16 tuổi. Izumi Shinichi là một thiếu niên 17 tuổi, sống cùng bố mẹ tại một khu phố yên tĩnh ở Tokyo. Một đêm nọ, những sinh vật ngoài hành tinh, có hình thù giống loài sâu, với tên gọi Kiseijū ("Ký sinh vật") đổ bộ lên Trái Đất, chiếm lấy não và điều khiển chủ thể là con người bằng cách xâm nhập qua tai hoặc mũi. Một "Ký sinh vật" có ý định bò vào tai của Shinichi khi cậu ngủ nhưng thất bại vì cậu đang đeo tai nghe, vậy nên đã xâm nhập cơ thể cậu bằng cách chui
Trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với sự hủy diệt từ những sinh vật khổng lồ bí ẩn. Chúng được gọi là "Huge". Toàn bộ thế giới đã hợp nhất với nhau chống lại Huge và phát triển một thứ vũ khí mới được gọi là "CHARM" (Counter Huge Arms).
Vào giữa thế kỉ 21, động đất và ảnh hưởng của sự nóng lên toàn cầu đã phá hủy Nhật Bản. Đất nước này đã trở thành một khu rừng lớn nhất thế giới để hấp thụ CO2 do thứ thuế carbon cản trở sự phục hồi của nó. Một số người sống cuộc sống sung túc trong dự án thành phố Atlas, trong khi số còn lại ở bên ngoài với nền kinh tế lạc hậu. Trước sự bất công xã hội càng lúc gay gắt, Kuniko phải dẫn dắt người dân của cô ấy đến Atlas. Thế nhưng ẩn bên trong miền đất hứa Atlas này là gì.