Cốt truyện của game lấy bối cảnh tương lai, nơi T-Dolls chiến đấu trong một cuộc chiến tranh thay vì con người. Phần lớn thế giới có thể sinh sống được và phần lớn nhân loại đã chết. Mặc dù những con búp bê đã từng sống một cuộc sống yên tĩnh, nhưng bây giờ chúng phải thích nghi.
kể về một nhóm gồm năm học sinh trường trung học cơ sở Kadic, đó là Aelita Stone, Jeremy Belpois, Ulrich Stern,Yumi Ishiyama và Odd Della Robbia. Những học sinh này du hành tới thế giới ảoLyoko - thế giới trong một siêu máy tính đặt trong tầng hầm của một nhà máy bịbỏ hoang gần Kadic - để đấu tranh chống lại một thực thể số tên là Xana - kẻ luôn muốn thống trị thế giới.
Để sửa chữa kết cục trận đại chiến Ma giới, Siran bước trên hành trình vượt thời gian, kết đồng minh với thiên tài quỷ kiếm sĩ một lòng tìm kiếm chân tướng "Quỷ thủ", cùng trải qua hành trịnh mạo hiểm khắc cốt ghi tâm như động Than Khóc, thánh chiến Hắc Ám, và Cách mạng Máy móc Thiên giới.
Thì ra thế giới loài người thật ra không phải là thế giới thật sự, mà là một thế giới ảo tưởng do Nữ Oa dùng pháp khí "Sơn Hà Xã Tắc đồ sáng tạo ra.
Đây là thời đại hàng hải phát triển mạnh, con người bắt đầu tìm tòi và khai thác Địa Cầu trên mọi lĩnh vực. Từ đó bắt đầu tiếp cận với những kiến thức mới như Trái Đất hình cầu, Trái Đất quay xung quanh Mặt Trời