The Bakumatsu was an era in which the souls of young men burned with anxiety for their countrys future. Takasugi Shinsaku, a soldier of fortune from Choshu, sneaks aboard a government ship with his comrade Katsura Kogorou in search of a mysterious "timepiece" with the power to manipulate time that he fears the government wishes to keep for themselves
Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
Shinjiro Hayata, con trai của Shin Hayata, người đầu tiên là Ultraman, có sức mạnh đặc biệt tự nhiên. Một ngày nọ, Shinjiro bị tấn công bởi những kẻ thù vô danh. Ultraman đã cứu ngày hôm đó, và lột mặt mình để cho Shinjiro biết rằng anh ta là cha mình.
Sau chiến tranh, những Extend tồn tại rất nhiều khắp đường phố, họ là những người đã bị biến đổi để trở thành một món vũ khí nguy hiểm. Inui Juuzou cũng là một Extend như thế. Anh không còn chút ký ức gì về cuộc sống trong quá khứ của mình, cũng không nhớ ai đã thay cái đầu của mình thành một khẩu súng khổng lồ.
Giải đấu bóng đá trẻ toàn thế giới, Football Frontier International Version (FFIV2) được tổ chức, và Inazuma Japan đã được thành lập. Tuy nhiên, các đại diện của Nhật Bản là các cầu thủ tuyển chọn chưa được thấy thi đấu bao giờ, và đây là "đội tuyển sẽ đại diện Nhật Bản" thi đấu với các đội tuyển thế giới!?