Vào một mùa đông nọ, cậu bé Kay tình cờ bị mảnh thủy tinh của nữ chú tuyết đâm vào mắt khiến cậu bé quên đi tất cả, kể cả cô bạn thân Gerda và đi theo nữ chúa tuyết. Để cứu Kay, Gerda phải đến lâu đài của nữ chúa tuyết lấy bằng được mảnh thủy tinh đó ra khỏi mắt cậu bé
A few months have passed since the VF Circuit, and Aichi is now in High School. However Aichi is in a different high school than most of his friends, a high school where the instructors focus on looking towards the future.
Vì một vụ tai nạn máy bay bắt đầu từ hôm nay, chúng tôi dành cả mùa xuân của cuộc đời mình trên một hòn đảo sa mạc !! Không có gì ở đây, vì vậy chúng tôi phải làm mọi thứ !! Và ăn tất cả mọi thứ !! (Ugh!) Hãy xem câu chuyện sinh tồn của nữ sinh trung học của chúng ta về lòng can đảm và trí tuệ. Chúng tôi thực sự đang làm khá tốt!
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.