Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Liên đoàn điều tra Birdy đuổi theo nhà không gian hình sự Geega qua không gian đến Trái Đất, nơi ông giấu trong ngành công nghiệp giải trí giả dạng con người. Birdy giả dạng làm mô hình "Arita Shion" thường sử dụng một cô gái không gian. Một học sinh nam, Senkawa, tình cờ gặp phải một cuộc chiến giữa hai nhóm trong một tòa nhà bỏ hoang và mọi thứ xảy ra như nào mời bạn đón xem
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Phần Phim này tập trung vào sự kiện cháy lớn tại Honnouji, nơi Oda Nobunaga, một trong những nhân vật quan trọng trong lịch sử Sengoku, bị phản bội và tự sát.
Câu chuyện xảy ra vào thời đại mà nhờ các thành tựu từ các thành phố trong khôn gian, 70% nhân loại đều đã sống bên ngoài không gian. Không gian giờ được kiểm soát bởi 2 thế lực lớn "Liên hiệp quan sự khối Dorushia" và "Vành đai hợp chủng quốc Hoa Kỳ đại tây dương" (ARUS). Có một nước trung lập tên Jiouru có nền công nghiệp rất phát triển.