Đầu tiên, một con tàu ngoài hành tinh kỳ lạ xuất hiện ở Tokyo, và sau đó một học sinh mới chuyển đến trường bí ẩn với một bộ đồng phục cổ điển. Tên của cậu là Muryou, và khi cậu ta đến, mọi thứ bắt đầu thay đổi.
Touru Soma là thành viên của Steppen Wolf, 1 nhóm hacker. Nhóm này quyết định sẽ làm một cuộc tấn công hack lần nữa bằng cách xâm nhập vào FLAK, một tổ chức quân đội lớn lập ra bởi United Nation để chống lại khủng bố mạng. Tuy nhiên, họ bị phát hiện, và Yuya chết, lãnh đạo của Steppen Wolf và bạn của Touru bị bắt.
Kiteretsu là một cậu bé mới chỉ học tiểu học nhưng rất say mê nghiên cứu, chế tạo máy móc. Một lần, qua câu chuyện của bố, cậu tìm được những cuốn từ điển toàn giấy trắng và kính thần thông mà cụ cố Kiteretsu để lại
Yu-Gi-Oh! là câu chuyện kể về Yugi Muto, một học sinh trường Domino. Tính tình nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Surodoku Muto. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông cậu đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi và đã lắp ráp được thành Trò chơi ngàn năm(Millennium Puzzle). Nhưng cậu đã không thể hoàn thành được vì mảnh chính của trò chơi bị Joey Wheeler (Katsuya Jonouchi) ném
Các nhân vật chính là Chrono Shindo , Shion Kiba , và Tokoha Anjo …,họ tất cả đều có trong tay những lá bài,mỗi lá bài là những loài vật mà họ sử dụng để chiến đấu trong những cuộc thi với nhau và với những người bạn khác.