Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Pokémon được hãng Nintendo cho ra đời vào năm 1996 nhằm phục vụ cho trò chơi xách tay phổ biến nhất của họ: Game Boy. Và được phát hành lần đầu tiên ở Nhật Bản. Cái tên đầu tiên được đặt ra cho Pokémon là “Poketto Monstaa” là phát âm tiếng nhật của “Pocket Monster – quái vật bỏ túi” và sớm được người Nhật Bản rút ngắn lại thành “Pokémon”. Một nhà thiết kế game người Nhật là Satoshi Tajiri đã nảy ra ý tưởng và làm nền móng cho Pokémon nhờ những ký ức thời xa xưa của ông khi còn nhỏ vẫn hay tìm
Đối với Mai Taniyama và bạn của mình, kể chuyện ma là một thú vui sau giờ học. Nhưng đến khi cô gặp cậu thanh niên Kazuya Shibuya-17 tuổi- người được gọi tới từ trung tâm Shibuya Psychic Research để điều tra những hành động kì lạ tại ngôi trường – Mai đã được cứu bởi người trợ lý của Kazuya trong một tình huống nguy hiểm
Yusuke Yotsuya là một học sinh lớp 9, sống thực tế, không thân thiện và không hề tham gia bất cứ hoạt động trong CLB nào. Đến một ngày nọ, cậu cùng hai người bạn nữ cùng lớp đã bất ngờ bị chuyển đến một thế giới khác, nơi mà họ phải hợp tác với nhau để chống chọi lại cuộc sống ở thế giới mới.