Sau khi quậy tung cả vùng đất Alola và để lại không biết bao nhiêu là chiến tích, thánh Sa nhà ta quay về Kanto để chuẩn bị cho chuyến chu du khắp thế giới như đã định lúc trước thay vì tập trung vào một vùng đất cụ thể. Cùng với người bạn mới là Gou với cộng
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS".
Trong tương lai, Nhật Bản là vùng đất khô cằn. Ở Sa mạc Kantou, rải rác con người tìm kiếm sự sống trong cát bụi. Trong số họ, có một tên lùn là " Sunabouzu" sống bằng công việc của thợ săn tiền thưởng. Trông công việc anh ấy là vô địch thiên hạ. Nhưng đứng trước vếu thì anh cũng giống như bao người đàn ông khác.
Anh chàng Hajime Nagumo 17 tuổi là một otaku bình thường như bao người otaku khác. Cuộc sống của cậu chỉ đơn thuần là thức nguyên đêm cày game và lên trường để ngủ. Thế nhưng cuộc sống ấy ngay lập tức bị đảo lộn hoàn toàn khi cậu và toàn bộ bạn cùng lớp của mình bị triệu hồi đến một thế giới kỳ ảo.
Tại một thành phố tối tăm, được biết đến là “Hole”, một nhóm các Ma pháp sư đã bắt người đi đường làm chuột bạch cho các “thí nghiệm” tàn bạo của hắc pháp. Ở một con hẻm tối, Nikaido đã tìm thấy Caiman, một gã đàn ông có cái đầu là động vật bò sát và một người có trí nhớ kém