Cha của Romeo bị bệnh nặng, cậu bé phải bán mình làm việc mới có tiền trị bệnh cho cha. Lúc trên dường đến Milan cậu gặp Alfredo với số phận cũng tượng tự như cậu. Sau khi cả 2 được bán cho ông chủ mới, Romeo gặp Angeletta - con gái ông chủ. Angeletta bị bệnh tim và phải nằm suốt đời trong phòng, cô nói với Romeo ước mơ của cô là ôm trọn bầu trời xanh kia, và...
Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.
Tổ đội anh hùng đã đánh bại được quỷ vương và kết thúc cuộc hành trình của họ. Nhưng thế chưa phải là hết, cuộc đời của cô nàng pháp sư Elf này sẽ còn rất dài, hơn cả những người đồng đội cũ của cô, một cuộc phiêu lưu mới để cô trải qua nhiều cung bậc cảm xúc, cũng như là học hỏi thêm về con người.