Câu chuyện nói về các Dantists là những người có khả năng triệu hồi và điều khiển các các Spirit bằng âm nhạc (Thánh nhạc). Cậu bé mồ côi Phoron vô tình gặp được một spirit là Conticarte khi đang ngồi hát trên máy nhà. Conticarte muốn bài đó là của riêng cô ta.
Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực) Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào. Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật
In her Junior High years, the pitcher Yomi Takeda was not able to get very far in a cross-school baseball tournament. Since the catcher on her team wasnt at her level, she couldnt use her signature move, the "Magic Throw," and eventually regretted not being able to use it.
Game nguyên tác lấy bối cảnh tại Học Viện Goryoukan - Trường tư thục dành cho nữ với một khuôn viên rộng lớn. Ngôi trường danh tiếng này lại đang lưu giữ một bí mật. Nó là nơi tổ chức và huấn luyện đơn vị đặc biệt, đó chính là Lực Lượng thứ 5 bảo vệ thế giới khỏi những vật thể siêu nhiên vô hình gọi là Oburi đang nuốt chửng thế giới này.
Raizel thức tỉnh sau 820 năm ngủ yên. Nhằm để bảo vệ Raizel, Frankenstein đã cho anh nhập học tại một ngôi trường cao trung để Raizel có thể học cuộc sống đơn giản và bình thường của thế giới loài người qua bạn bè.