Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí
Sau khi kết thúc giải đấu mùa thu, đội bóng chày của trường trung học Seidou chiến đấu với những gương mặt mới và cũ khi họ bắt đầu giải đấu tại Koshien.
được phỏng theo một truyền thuyết cổ xưa, thịt cá có thể cấp bất tử nếu ăn phải. 500 năm trước, Yuta vô tình ăn một miếng thịt cá của. Trong nhiều thế kỷ, ông đi khắp Nhật Bản, hy vọng tìm được một nàng tiên cá, nghĩ cô có thể làm cho anh ta một con người bình thường trở lại
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Câu chuyện được đặt trong một thế giới mà “Appmon” (rút ngắn cho “Appli Monsters”), sinh vật thông minh nhân tạo được sinh ra trong các ứng dụng di động. Nhân vật chính là Haru Shinkai người được một Appli ổ của riêng mình và mở ra khả năng của mình để mang lại Appmon với cuộc sống nơi ông gặp đối tác của mình Gatchmon.