Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt. Đối với các quốc gia, sự tồn tại của con người này chính là những vũ khí mạnh mẽ.
Fate/kaleid Liner Prisma-Illya là spin-off của Fate/stay night, với Illyasviel von Einzbern là nhân vật chính, một nữ sinh bình thường. Một ngày nọ, cây gậy phép ruby của tohsaka Rin (Kaleido Ruby) chán chủ nên bay đến chọn Illya làm chủ nhân, cùng lúc đó, cây gậy của Luvia (Kaleido shapphire ) cũng chọn chủ mới là bạn học của Illya.
Câu chuyện kể về cô bé Yuuko Yoshida, 15 tuổi. Một buổi sáng nọ, cô bé đã thức tỉnh sức mạnh quỷ dữ của mình và cô được giao cho nhiệm vụ là đánh bại một cô gái pháp thuật gần nơi cô ở. Yuuko mọc cả sừng và đuôi, như một con quỷ thực thụ, thế nhưng sức mạnh của cô còn yếu hơn cả một người bình thường?! Cô đang vật lộn để xóa bỏ lời nguyền khiến cô mất 40.000 yên mỗi tháng… Hẳn đây là nàng quỷ ăn nhiều “hành” nhất thế giới rồi!
Bên ngoài trông như một nữ sinh trung học bình thường nhưng Kusakabe Maron thực chất là kiếp sau của Jeanne d’Arc. Với sự giúp đỡ của một thiên thần tên là Fin Fish, vào buổi tối, Maron trở thành Kaitou Jeanne để phong ấn bọn quỷ trốn trong những thứ đẹp đẽ làm hại chủ nhân của chúng.
Arata, một cậu bé vốn đã mất niềm tin vào người khác bị lạc vào một thế giới kì lạ và bị ghép vào tội ám sát công chúa. Cậu bất ngờ dùng được Hayagami - một loại vũ khí của thần, từ đó cậu bắt đầu một cuộc chiến chống lại 12 Shinsho để phục thù cho công chúa và cứu thế giới khỏi loạn lạc.