Câu chuyện xảy ra vào năm 1924 tại Vương quốc Saubure ở Châu Âu. Kujo Kazuya là em thứ 3 của một Quân nhân người Nhật, chuyển đến học ở Học viện Thánh Maguerite, nơi những chuyện kì bí xảy ra như cơm bữa. Tại đây cậu gặp Victorique (ngậm tẩu nhìn chẳng khác Sherlock Holmes), thông minh xinh đẹp. Và Kazuya cùng Victorique bắt đầu khám phá ra những bí ẩn mà các thám tử phải chịu thua.
Câu chuyện diễn ra ở đất nước Kuchen, một đất nước tưởng tượng nằm giữa Pháp và Anh và vẫn còn tồn tại chế độ quân chủ chuyên chế với hệ thống quý tộc, hoàng gia. Khi chiến tranh thế giới xảy ra, đức vua của Kuchen quyết định đưa đất nước vào vị thế trung lập, không tham gia vào cuộc chiến. Để có thể cai trị tốt đất nước, các nhà vua từ đời này sang đời khác được giúp đỡ bởi những cận thần được gọi là Strahl. Đó là những con người ưu tú nhất với một gia thế hiển hách, một trí thông minh tuyệt
xoay quanh Daimon Kaito, 1 nam sinh yêu thích những câu đố (puzzle) đang học tại học viện Root. Một ngày, chủ tịch hội học sinh chỉ dẫn cậu tới 1 khu vực đổ nát dưới lòng đất của trường, tại đó cậu cùng với cô bạn gái Nonoha cùng nhau giải 1 câu đố được xem là "không thể giải được", do một tổ chức tình báo bí hiểm tên POG làm ra. Khi giải nó thành công, Kaito trở thành 1 "người giải đố", và từ đây cậu phải hợp tác với những người giải đó khác chống lại những bí ẩn mà POG đặt ra trên toàn thế
Trên tiền tuyến của cuộc chiến, có một cô gái nhỏ bé. Tóc vàng, mắt xanh và làn da trắng như gốm sứ, cô bé chỉ huy đội quân với giọng nói phát âm còn chưa rõ . Tên của cô là Tanya Degurechaff. Nhưng thực tế thì cô bé là một trong những nhân viên văn phòng ưu tú nhất của Nhật Bản, được hồi sinh trong hình hài của một bé gái sau khi đã chọc giận sinh vật bí ẩn X
Câu chuyện bắt đầu khi cô bé Satsuki tìm được cuốn sách của người mẹ đã mất, ghi chép về cách xua đuổi những bóng ma. Cũng kể từ đó mà những hồn ma luôn làm phiền, ám hại cuộc sống xung quanh cô