Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower
Hậu quả của Chấn Động Thứ Tư, bị mắc kẹt mà không có Evangelion của mình, Shinji, Asuka và Rei tìm nơi trú ẩn tại một trong những ngôi làng hiếm hoi vẫn còn tồn tại trên Trái Đất đổ nát. Ở đó, họ sống một cuộc sống khác xa so với những ngày là một phi công Evangelion. Tuy nhiên, mối nguy hiểm đối với thế giới còn lâu mới kết thúc.
Tập phim đặc biệt vẽ lên "một ngày đặc biệt như mọi khi" của Satoshi và Pikachu, cùng với một chàng trai kì lạ tên Haruto.
Câu chuyện về Rune Balot tiếp tục trong movie thứ hai của bộ ba phim Mardock Scramble. Kể từ movie thứ nhất được phát hành năm 2010, movie thứ hai này trở lại và lợi hại hơn với hình ảnh đẹp hơn và tiết lộ nhiều hơn so với phần trước. Bắt đầu là Rune và người đồng hành đáng tin cậy Oeufcoque bị Boiled – nhân vật phản diện – dồn vào chân tường.
bối cảnh của tương lai sắp tới, khi mà con người đã nắm vững quy trình nhân bản. Con người có thể nhân bản mọi sinh vật dù sống hay đã chết. Nhưng việc nhân bản con người là điều luôn bị cấm kị. Tuy nhiên, một nhóm người có âm mưu đen tối vẫn lén lút thực hiện công việc đó