Paranoia Agent nói về Sagi Tsukiko là 1 designer trẻ tuổi mới nổi nhờ mẫu thiết kế mới nhất của cô, chú chó Maromi. 1 đêm nọ, khi đang trên đường về nhà Tsukiko bị 1 kẻ lạ mặt tấn công. Cô miêu tả hắn "là 1 thằng nhóc cấp 1, đi giày trượt vàng, cầm chiếc gậy bóng chày vàng bị bẻ cong", sau cảnh sát đặt biệt hiệu "Shounen Bat" (Lil Slugger).
Vương quốc Phép thuật Klyrode triệu tập hàng trăm anh hùng từ các thế giới khác mỗi năm để chiến đấu trong cuộc chiến chống lại Bóng tối và đội quân quỷ mạnh mẽ của hắn.
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.
kể về câu chuyện của 13 cô gái, đều có khả năng trở thành hiện thực “Elements” và triệu tập người giám hộ bằng kim loại gọi là “Childs” đã được đưa đến Học viện Fuuka để chiến đấu với những sinh vật bí ẩn được gọi là trẻ mồ côi. Mỗi người một tính cách và nền tảng khác nhau, họ phải quyết định những người mà họ thực sự quan tâm và lý do tại sao họ đánh nhau.
được đặt trong một thế giới nơi các cánh cổng đột nhiên xuất hiện trên bầu trời, mở ra vô số ngục tối. Câu chuyện tưởng tượng nếu người chơi là một chủ tịch công ty sử dụng các nhà thám hiểm để đảm nhận các hầm ngục chứa đầy quái vật cho những kho báu nằm bên trong.