Hàng triệu năm trước khi bóng tối còn bao phủ thế giới một vị thánh đã xuất hiện và đem ánh sáng đến cho con người tên vị thánh đó là Shepherd. Đánh tan bóng tối là cũng là lúc vị anh hùng đó biến mất như không, người đời dường như quên rằng ánh sáng có được do đâu. Cho đến thời đại về sau, hòa bình bắt đầu không còn nữa chiến tranh liên tiếp xảy ra
Hitomi, Rui và Ai là chị em siêu trộm mèo. Họ đánh cắp một bức tranh từ một bảo tàng vào khoảng thời gian Lupin đệ tam xuất hiện để tự mình đánh cắp một bức tranh khác. Cả hai bức tranh đều là một phần trong loạt tranh của Michael Heinz có tựa đề Cô gái và những đóa hoa
Sau khi Đôrêmon bị đám rôbốt tí hon bắt đi, Nôbita và nhóm bạn đã quay trở lại hòn đảo xinh đẹp và vui chơi, nhưng cậu bé luôn mong ngóng Đôrêmon bởi không biết anh bạn mèo máy đang bị bắt ở đâu. Đột nhiên hòn đảo bị một đám máy bay tấn công, chiếc vali thần kỳ bị lấy đi, nhóm bạn đã bị giam lại trên đảo.
Một kẻ tự xưng là siêu trộm Kaito Deluxe (DX) đã đột nhập vào nhà Nobita lúc nửa đêm và lấy đi quả chuông của Doraemon. Điều này đưa Nobita và nhóm bạn vào cuộc phưu lưu truy tìm tung tích của quả chuông tại 1 nơi mang tên "Viện Bảo Tàng Bảo Bối Tương Lai", đây là nơi lưu giữ tất cả các bảo bối tại thế kỷ 22. Cuộc điều tra trở nên phức tạp và kỳ lạ hơn khi có sự xuất hiện của những nhân vật mới.
kể về Nobita tìm thấy một con khủng long hóa thạch trứng một cách tình cờ, và với sự giúp đỡ của các công cụ của Doraemon, họ nở trứng và bắt đầu nuôi loài khủng long. Biết rằng họ không thể giữ mãi mãi khủng long, Nôbita đã buộc phải gửi nó trở lại thời tiền sử, nơi một nhóm thợ săn đến từ tương lai đe dọa gây nguy hiểm cho các loài khủng long.