Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Jiyuu Nanohana đã trở lại với cuộc sống bình thường. Tuy nhiên, 1 hôm, trên đường đến trường, Jiyuu lại nhận được miếng che mắt Lovely Eyepatch ngày xưa. Lần này, Jiyuu lại phải tiếp tục cuộc chiến của mình trước những đối thủ mới: 1 là những đối thủ từ môn phái Yagyuu phương Bắc đến từ Siberia, và 2 là 1 nhân vật bí ẩn tự xưng là Jubei Yagyuu Đệ nhị - truyền nhân thực sự của phái Yagyuu Shinkage.
kể về anh chàng Kaiji Itou là một kẻ quỵt nợ trôi người bố thất vọng của mình với cuộc sống thông qua sự phá hoại. Một ngày nọ, ông biết rằng bằng cách không suy nghĩ đồng ký kết hợp đồng cho mượn râm một cựu workmate của ông đã làm cho mình phải chịu trách nhiệm cho một số lượng tê liệt của lãi suất kép.
Haruyoshi, người được mệnh danh là một Âm Dương sư mạnh nhất trên thế giới. Sau đó, anh bị bạn bè của mình phản bội và bên bờ vực của cái chết, anh mong muốn được hạnh phúc trong cuộc đời tiếp theo của mình. Ngay lúc đó, anh đã thử một câu thần chú tái sinh bí mật.
Taichi Keaton - một nhà khảo cổ, giảng viên, nhân viên bảo hiểm và còn là... (hồi sau sẽ rõ ) Công việc chính: Khám phá và giải quyết các vấn đề liên quan tới việc gian lận bảo hiểm.