Haruyoshi, người được mệnh danh là một Âm Dương sư mạnh nhất trên thế giới. Sau đó, anh bị bạn bè của mình phản bội và bên bờ vực của cái chết, anh mong muốn được hạnh phúc trong cuộc đời tiếp theo của mình. Ngay lúc đó, anh đã thử một câu thần chú tái sinh bí mật.
Thế giới đã trải qua bao nhiêu kỳ “Cát bụi”, và dần dần sắp lụi tàn. Để có thể cứu thế giới khỏi đợt “Cát bụi cuối cùng”, mọi người đã tụ tập cùng nhau hợp sức để có thể khôi phục lại ngành công nghệ giả kim bí truyền của thành phố được biết đến với cái tên “Central”.
Vào cuối thế kỷ 19, Allen Walker chính thức gia nhập tổ chức Exorcist và bắt đầu đi tiêu diệt các sinh vật được gọi là Akuma; vũ khí cơ khí do Thiên niên kỷ Earl với những linh hồn đau khổ của người chết. Allen có một con mắt bị nguyền rủa và vũ khí chống Akuma, mang sức mạnh của "Innocence", một món quà dành cho anh là một tông đồ của Chúa.
Masaru, học sinh năm hai của một trường trung học. Là một chiến binh đường phố bất khả chiến bại nhưng đang học ý nghĩa " làm việc theo nhóm". Sau khi trốn khỏi DATs, một tổ chức chuyên bắt Digimon gây rối. Agumon đã có một trận đánh với Masaru. Ngay lúc đó Yoshino cùng Lalamon đã đến chụp cỗ Agumon, và Masaru và Agumon đã trốn thoát. Ngay lúc đó có một Digimon tà ác xuất hiện và họ đã đánh bại nó bằng sự tiến hóa. Sau đó Masaru đã gia nhập DATs để ngăn cản Digimon đến Trái Đất. Cùng với sự
Các quốc gia trên toàn thế giới thành lập một liên minh để chống lại kẻ thù mới nổi của nhân loại Neuroi, kẻ mà chỉ những cô gái có sức mạnh đặc biệt mới có thể chống lại. Tuy nhiên, Neuroi không bao giờ xuất hiện. Thay vì chiến đấu, các phù thủy dành cả ngày nhàn rỗi.