Câu chuyện của manga lấy bối cảnh trong một căn biệt thự kiểu Tây phương nằm trên một vách đá và là trung tâm của gia đình nhà Shadow. Họ sống với những người hầu búp bê giống hệt như thật. Câu chuyện tập trung vào cuộc sống hàng ngày của những con người bên trong ngôi nhà Shadow cùng những bí ẩn sẽ được hé lộ.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Câu chuyện xoay quanh "Chronos Rulers", những người chống lại những quỷ ma thời gian xuất hiện khi mọi người muốn họ có thể quay lại thời gian. Chronos Rulers chiến đấu chống lại một cuộc chiến tranh chống lại những con quỷ này.
Kyoukai no Kanata Specials, Mini Theater A short mini-theater specials included in BD/DVD volumes.
Jahy-sama, trợ lý của chúa quỷ, là người được toàn thể vương quốc loài quỷ khiếp sợ. Trong một trận giao tranh với nữ pháp sư để bảo vệ vương quốc đang bị tấn công, viên ngọc huyền bí của Jahy-sama đã vỡ, kéo theo sự biến mất của ma thuật và toàn bộ vương quốc