Lấy bối cảnh giả tưởng về 1 nhóm nhân vật chơi 1 game MMORPG tên The World:X. Họ sẽ gặp các rắc rối từ những kẻ phá hoại trong game và dần khẳng định tình bạn của mình cũng như hoàn thiện bản thân hơn. Tuy là thế giới ảo nhưng nỗi đau là thật.
Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume lại trải qua những ngày tháng đầy rắc rối của mình. Nhưng mỗi một yêu quái cậu gặp là mỗi một cảnh đời, mỗi một niềm vui nỗi buồn khác nhau. Giúp đỡ hay phản bội, chia ly hay hội ngộ, tất cả đều trải qua rất nhanh khiến Natsume càng cảm thấy sợ sự cô đơn, nhưng Madara đã nói “Cuộc sống của con người ngắn ngủi đến đáng sợ, nhưng ta sẽ cùng cậu trải qua sự ngắn ngủi ấy”
Bối cảnh câu chuyện diễn ra trong một thế giới gothic fantasy, kể về Teito Klein. Một nô lệ mồ côi, người đã trở thành học viên xuất sắc nhất của Học viện Quân đội. Tuy nhiên, một sự kiện bất ngờ đã làm cho cậu bị rượt đuổi bởi lực lượng của Đế quốc Barsburg. Để thoát bị kết án, nhà thờ đã che chở cho Teito dựa vào luật lệ dành cho nơi tôn nghiêm.
Câu chuyện diễn ra tại trường tiểu học Heavenly Host, nơi đã bị hủy hoại nặng nề sau những vụ giết người và mất tích của một vài nhân viên và học sinh trong trường. Vào thời điểm câu chuyện bắt đầu, một trường khác là Học Viện Kisaragi đã được xây lên ở vị trí của trường tiểu học cũ. Một đêm, khi mà nhóm học sinh từ Kisaragi đang kể chuyện ma thì một trận động đất bất ngờ đã đưa tất cả đến một không gian khác, nơi mà trường tiểu học Heavenly Host vẫn còn tồn tại và đang bị ám bởi linh hồn của
Series tiểu thuyết lịch sử theo bước chân của Heizō Hasegawa - người mang theo công lý để trừng phạt bọn tội phạm, và thẳng tay trửng trị bọn phá hoại và kẻ cướp trong thời đại Edo của Nhật Bản. Maruyama nói rằng bộ anime sẽ không theo y như cốt truyện nguyên tác trong tiểu thuyết mà còn chèn thêm những yếu tố độc đáo của anime.