Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Thiên thần Alexiel do hợp tác với yêu tinh mà bị thượng đế trừng phạt mà đầu thai làm con người là Sestuna Mudo và đem lòng yêu chính em gái của mình.Vì thế Mudo bị mọi người khinh rẻ,cả người mẹ cũng chối bỏ anh.Chỉ có Kỉra-senpai ở bên anh,nhưng Kira cũng không phải con người,và anh cũng mang trong mình 1 bí mật ....đáng thuơng ! Rosiel em trai của Alexiel không chịu được cảnh chị mình là Alexiel yêu người con gái khác nên muốn giết chết Sara.Cuối cùng để bảo vệ Sara Kira-senpai,thiên thần
chuyện về một thế giới tương lai vào năm 2577.Khi con người đã đạt đến những tầm cao mới trong những thành tựu về khoa học và kĩ thuật, các nhà khoa học tài năng đã tìm cách biến sao hỏa thành một thực thể sống để có thể đưa con người lên định cư trên sao hỏa, những điều đó thật quá hoang đường ở hiện tại.
Cafe Kuronekotei là một quán cà phê nằm ở một góc của quận 5 của Cố đô. Những cô gái làm việc ở đó là những con búp bê cơ khí tự động (automata), đỉnh cao của công nghệ hiện đại. Chúng được tạo ra để làm vũ khí chiến đấu trong cuộc đại chiến, nhưng chiến tranh giờ đã kết thúc.
Trong cuộc chiến tranh nổ ra giữa mối bất đồng ngoại giao giữa Đế Quốc Britannia và Nhật Bản, sau khi bị đánh bại Nhật đã trở thành một thuộc địa của Britannia và đổi tên thành Khu Vực 11, còn người nhật thì bị gọi Eleven, Lelouch Lamperouge tên thật là Lelouch Vi Britannia cùng em gái Nunnally Vi Britannia bị cha đưa sang Nhật.