Câu chuyện về 7 con búp bê tuyệt đẹp của Rozen một lần nữa được kể lại qua 13 tập phim. Nếu như ở series năm 2004, Sakurada Jun – nhân vật chính trong truyện – đã lên cót và phục sinh Shinku, búp bê thứ 5 trong 7 chị em búp bê Rozen Maiden và chứng kiến cuộc chiến giữa 7 con búp bê này nhằm đoạt lấy danh hiệu Alice
Vào năm 1973, cuộc xâm lược ngoài hành tinh của đội quân BETA đã đưa nền văn minh của loài người đến bờ vực của sự diệt vong.Để đối phó với lực lượng hùng hậu của kẻ địch, loài người đã tạo ra một loại vũ khí khổng lồ mang dáng dấp con người, có tên gọi là Tactical Surface Fighters (TSF) và triển khai tuyến phòng thủ trên toàn thế giới. Vào năm 2001, Đế quốc Nhật Bản phải đối mặt với những khó khăn trong việc phát triển các TSF thế hệ mới, vì phần lớn các TSF đang phòng thủ cho tiền tuyến vùng
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Trong hàng thập kỷ kể từ khi thế giới trở nên nhận thức được sự tồn tại của phép thuật, thế giới đã trải qua một cuộc đại loạn. Tuy nhiên, một cậu bé tên là Touta sống ẩn dật trong một thị trấn nông thôn cách xa nơi loạn lạc. Cuộc sống bình thường của cậu được chỉ bảo bởi thầy giáo dạy ma thuật và những người bạn ủng hộ ôcậu.
Khi Nhật Bản đang trong cơn tuyệt vọng, 13 "Ác quỷ sống sót" đã hủy bỏ giao kèo với Quỷ để có được khả năng chiến đấu chống lại những kẻ xâm lược vô danh. Chỉ với 7 ngày còn lại để cứu lấy thế giới trước thảm họa toàn cầu, bạn phải đưa ra một quyết định rất quan trọng để sống sót.