Seiya và phần còn lại của Bronze và Gold Saints đã sống sót sau cuộc chiến Sanctuary đã bước vào thế giới của người chết. Họ đang chiến đấu để có được Hades và đánh bại anh ta.
Một ngư dân trẻ nhưng kinh nghiệm tên Musashi Kazama và hai người bạn của mình đi du lịch khắp thế giới để tìm kiếm bảy đối tượng bí ẩn của sức mạnh tuyệt vời gọi là “Legenders”, mỗi một trong các hình thức của một con cá huyển thoại được biết đến cho tất cả mọi người bắt họ sức mạnh để thay đổi thế giới.
Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Thất đại ác nhân”, một nhóm chiến binh có tham vọng lật đổ vương quốc Britannia, được cho là đã bị tiêu diệt bởi các “hiệp sĩ thánh chiến” mặc dù vẫn còn 1 số người cho rằng họ vẫn còn sống. 10 năm sau, Các hiệp sĩ thánh chiến đã làm 1 cuộc đảo chính và khống chế đức vua, họ trở thành người cai trị độc tài mới của vương quốc.