Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Câu chuyện diễn ra ở học viện dân lập Ousai, do tỉ lệ sinh đẻ giảm, học viện đã phải chuyển từ trường nữ sinh sang trường dành cho cả nam và nữ. Tỷ lệ hiện tại của nam : nữ học sinh là 28:524. Ở thiên đường này Tsuda Takatoshi được chỉ định làm hội phó của hội học sinh. Hội học sinh có luật lệ rất nghiêm khắc. Tuy nhiên có một số thành viên lại coi thường điều đó
Kizuna Ai xuất hiện như một ngôi sao chổi trong thế giới ảo, và trở nên nổi tiếng trong chớp mắt. Sau 5 năm liên tiếp giành được Lapin Doll tại Virtual Grid Awards, cô ấy đột ngột biến mất.
Câu chuyện tập trung vào hai nam sinh cao trung Akira Kariya và Riku Haruma. Một ngày nọ, tân binh CLB bóng bầu dục Akira đã nhận được lời khuyên từ Riku, người đã từng mải mê với môn bóng bầu dục nhưng đã từ bỏ vì vóc dáng không hoàn hảo để chơi môn thể thao này. Akira đã để ý chuyện này đến Riku và niềm đam mê bóng bầu dục của Riku đã dần quay trở lại.
Một thế kỉ đã trôi qua kể từ khi ma pháp trở về với thế giới. Vào mùa xuân, những học sinh mới đã bắt đầu tề tựu về Cao Trung 1. Spin-off của tựa phim Mahouka Koukou no Rettousei với những sự kiện qua góc nhìn của Miyuki Shiba. Cuộc đời của học sinh ưu tú với nhiều bất ngờ... và những cảm xúc được giấu kín.