Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
300 năm sau khi kết thúc chiến tranh ở Calamity.Những quyền năng cai trị Sphere Trái đất đã bị lật đổ, nhường chỗ cho những người cai trị mới của một thế giới mới sau trận chiến.
Câu chuyện bắt đầu khi 30,000 Game thủ Nhật Bản bị kẹt lại trong thế giới Elder Tale. Thế giới của đao kiếm và phép thuật nay đã trở thành hiện thực đối với họ. Câu chuyện là cuộc phiêu lưu của nhân vật chính Shiroe cùng người bạn cũ Naotsugu và nữ sát thủ xinh đẹp Akatsuki.
Vào lần sinh nhật thứ 16, Tomokazu Mikuri đã mơ một giấc mơ kì lạ. Trong giấc mơ đó anh gặp 1 cô gái tên là Mone (Em ý chỉ biết nói có mỗi “Mone, mone”, nên mọi ng` gọi nhỏ là Mone luôn! Trông nhỏ khá là moe !) đang chiến đấu với một vật thể kì quái. Và ngạc nhiên hơn là lúc tỉnh dậy, cô gái đó lại đang nằm bên cạnh anh
Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru