Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Câu chuyện bắt đầu từ sự phản bội của Kì Lần - Judas và Phượng Hoàng - Luca, họ đã bị bị Chúa giam giữ ở địa ngục. Sau một ngàn ngày đêm, họ đã trốn thoát với một ý định trả thù Chúa và tạo ra một thế giới địa ngục. Ngay sau đó, những Thần Hộ Mệnh được gửi đến trần gian đã bắt đầu dần biến mất, trên Thiên Đường không ai có thể giải thích điều này. Bốn vị Thánh Thú đã được Nữ Thần kêu gọi, sau đó họ đã đến trần gian và kiểm chứng về những việc đang xảy ra. Khi đến nơi họ đã gặp một Thần Hộ Mệnh
Những Sorcerer Hunter (Thợ săn phù thủy) được thành lập trên lục địa Spooner, tại đây dân cư được chia thành 2 nhóm, nhóm sử dụng được phép thuật và nhóm không sử dụng được phép thuật. Sorcerer Hunter được thành lập để bảo vệ những người không sử dụng được phép thuật.
Nhân vật vật chính – Goro Mutsumi, là một người vô cùng xui xẻo, với công việc, chuyện học hành và đặc biệt là với phụ nữ và bạn gái. Đến một ngày, cậu gặp một bà bói thông báo cho cậu là sẽ có một cuộc gặp gỡ định mệnh và bà đưa cho cậu ta một cái điện thoại di động, với nó bà ta hứa rằng vận may sẽ đến với cậu.
Syaoran một nhà khảo cổ học cùng với Sakura công chúa của vương quốc Clow, cả hai đều là bạn thân tử nhỏ và một ngày nọ Sakura bị mất hết đi kí ức của mình, Syaoran cùng hai người nữa là Fye và Kurogane, lên đường tìm lại lông vũ kí ức của Sakura, liệu giữa họ có những bí ẩn gì, và tương lai sẽ ra sao? Xem phim sẽ rõ