Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Đã nhiều năm trôi qua kể từ khi loài người bị đẩy đến bờ vực tuyệt chủng bởi sự xuất hiện đột ngột của các dạng sống chưa từng được biết đến, Gadoll. Những người còn sống hiện đang ở bên trong một pháo đài di động cao 3000m, Deca-dence, được xây dựng để bảo vệ nhân loại khỏi Gadoll.
Ngay sau Thế vận hội Tokyo năm 2020, một trận động đất lớn xảy ra tại Nhật Bản. Giữa sự hỗn loạn, anh chị em Ayumu và Gou của gia đình Mutou, bắt đầu trốn khỏi thành phố cùng với gia đình bốn người của họ. Tuy nhiên, quần đảo Nhật Bản đang chìm dần không ngừng theo đuổi gia đình.
Giữa những bức tường bao quanh, các thanh niên sẽ được nuôi dưỡng bởi các robot. Mặc dù cuộc sống ở đó có thể khá đơn sơ, nhưng theo nhiều cách, nơi đây lại giống như một lát cắt của thiên đường. Ở thế giới bên ngoài thì không khác gì một địa ngục trần gian, nơi sinh sống của những sinh vật kỳ dị và tràn đầy sức mạnh
The power of the saint is all around. Takanashi Sei là một nữ nhân viên văn phòng tuổi 20 có chút tham công tiếc việc. Trong một buổi tối về nhà sau giờ làm thêm, cô đột nhiên bị một luồng ánh sáng bao phủ và bị triệu hồi sang thế giới khác dưới thân phận "Thánh Nữ".