Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.
Rachel (13 tuổi) tỉnh dậy và thấy mình bị mắc kẹt trong tầng hầm của một tòa nhà bỏ hoang. Không còn nhớ gì cả thậm chí là một manh mối, cô lang thang trong tòa nhà, mệt mỏi và chóng mặt. Rồi cô tình cờ gặp một gã quấn khăn khắp mình, tự giới thiệu mình là Zack và cầm một thứ như lưỡi liềm.
Yuya Tenjo là một thanh niên bị đối xử tàn nhẫn từ khi còn nhỏ, khi anh ta tuyệt vọng muốn sống thì "cánh cổng đến dị giới" đã mở ra cho anh ta! Ở phía bên kia của cánh cổng là [Vương quốc quỷ vĩ đại] nơi những con quái vật hung dữ tràn lan
Kỷ nguyên Holy Genesis . Năm 0011. Sau thảm họa Great Catatrophe dân số nhân loại đã mất đi 2/3. Lúc này chủng tộc Shadown Angel đã tỉnh giấc sau giấc ngủ dài 12000 năm và tấn công con ngườiĐể chống lại nó con người đã sử dụng sức mạnh của Mechanical Angel AquarionQuyết định số phận của thế giới giờ nằm trong tay của
Đảng Sanzou đã đến Ấn Độ. Ở vùng đất xa lạ này, nơi mà bạo động xảy ra tùm lum,các trận chém giết xảy ra liên miên Và số phận bi thảm của họ từ 500 năm trước đây & Họ sẽ tìm thấy gì vào trong cuộc hành trình của họ