Thuở xa xưa trước khi loài người xuất hiện. Có một chủng loài mạnh mẽ và tàn bạo đã làm chủ Trái Đất – loài quỷ. Lũ quỷ sống để chiến đấu và giết chóc. Nhưng thời kì thống trị của loài quỷ cũng chấm dứt. Kỉ băng hà đã chôn vùi bọn quỷ.
Câu chuyện diễn ra tại trường tiểu học Heavenly Host, nơi đã bị hủy hoại nặng nề sau những vụ giết người và mất tích của một vài nhân viên và học sinh trong trường. Vào thời điểm câu chuyện bắt đầu, một trường khác là Học Viện Kisaragi đã được xây lên ở vị trí của trường tiểu học cũ. Một đêm, khi mà nhóm học sinh từ Kisaragi đang kể chuyện ma thì một trận động đất bất ngờ đã đưa tất cả đến một không gian khác, nơi mà trường tiểu học Heavenly Host vẫn còn tồn tại và đang bị ám bởi linh hồn của
Anh trai của bốn cô em gái bị hen suyễn nặng khi anh còn nhỏ. Do đó, bốn cô em gái sẽ cắt cử nhau ngủ với anh mỗi tối để cho ấm, và cứ thế luân phiên nhau qua ngày. Một ngày nọ, cha mẹ của họ là nhà nghiên cứu, đã ra yêu cầu thử nghiệm thí nghiệm mới nhất của họ.
5 năm trước, hầu hết dân làng Ootsuka đã phải chết vì một cơn bệnh dịch. Nhưng thật thần bí, có 3 người đã sống sót: 1 nữ 2 nam. Họ hiện đang sống tại một nhà thờ tách biệt với thế giới bên ngoài nhằm thoát khỏi sự truy sát của kẻ thù. Đặc biệt thay, Shino, một trong 3 người sống sót đã có được quyền năng của Murasame, thanh kiếm linh hồn. Thế nhưng, cuộc sống yên bình của họ đã kết thúc khi mà Tòa Thánh đã rắp tâm muốn chiếm đoạt Murasame
Shinrei Tantei Yakumo kể về cậu nam sinh tên Saitou Yakumo, cậu không phải là một con người bình thường, khi sinh ra cậu đã mang 2 màu mắt khác nhau. Vậy điều này khiến cho cậu có gì đặc biệt hơn người? Người ta đồn rằng đó chính là khả năng nhìn thấy những hồn ma còn vương vấn trên cõi trần chưa thể siêu thoát. Một ngày nọ, Ozawa Haruka đến tìm cậu để nhờ giúp đỡ về một vụ án.