Là TV Series đầu tiên sau hơn 25 năm kể từ bản gốc. Câu chuyện xoay quanh cuộc Thánh Chiến của Nữ Thần Athena với các thế lực bóng tối vì nền hòa bình của nhân loại. Nhân vật chính trong Omega là Đồng Thánh Pegasus Kouga, đệ tử của Kim thánh huyền thoại Seiya trong phiên bản gốc.
Urushiba Rinka, một cô gái cao trung sống một cuộc sống nghèo khó, vất vả. Bỗng một ngày cô gặp một đàn chim cánh cụt bay qua bầu trời và những con cá bay lượn tung tăng, vâng, chính xác là bay lượn tung tăng, và những con cá đó lại bị đàn chim cánh cụt truy đuổi. Đúng lúc đó, đột nhiên Rinka bị một con cá bay xuyên qua người, và từ ấy cô sở hữu siêu năng lực "vượt qua mọi giới hạn vật lý" hay chúng ta vẫn gọi là "đi xuyên tường". Rinka cùng một người khác cũng mang trong mình siêu năng lực là
Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Sự ra đời của công chúa và hoàng tử song sinh là báo hiệu cho sự diệt vong của vương quốc sẽ đến khi công chúa tròn 16 tuổi. 15 tuổi, để tránh định mệnh phải chết Pacifica phải trốn chạy sự truy đuổi của nhiều lực lượng khác nhau dưới sự bảo vệ của anh trai và chị gái nuôi. Liệu Pacifica có phải sử dụng sức mạnh thật sự của mình?
Câu chuyện này nói về một cô gái 15 tuổi là một thần tượng mới mẻ trong tình yêu với anh trai của người bạn thân nhất cũng là một thần tượng nổi tiếng. Nhưng cô lại gặp một chàng yakuza đáng sợ và biết rằng mẹ cô là một cô gái kỳ diệu, và người yakuza là linh vật của cô.