Câu chuyện tiếp nối ngay sau kết thúc phần một. Harima sau khi trở về Nhật, vẫn tiếp tục thích Tenma nhưng nỗ lực bày tỏ tình cảm của cậu ta đều dẫn đến nhiều tình huống dở khóc dở cười. Lễ hội văn hóa gần kề và có những tin đồn quanh mối quan hệ giữa Harima và Yakumo. Câu chuyện cứ thế tiếp diễn xoay mòng mòng giữa các nhân vật quen thuộc của phần trước với những tình huống đầy hài hước và không kém phần ý nghĩa.
Vào một buổi sáng, Moriyama Sunao tìm thấy một sinh vật kỳ lạ, nhỏ bé trong tủ lạnh nhà mình, khi nhìn những món mình đang ăn, Sunao quyết định đặt tên cho sinh vật đó là Potemayo, Potemayo đến trường cùng Sunao và lập tức gây được sự chú ý cho cả lớp, đặc biệt các bạn nữ rất thích Potemayo. Khi Sunao và Potemayo đang ở trường, một sinh vật khác cũng phá tủ lạnh đi ra, nhưng khác với Potemayo, lần này là một sinh vật khó tính, đó là Guchuko.
Kizuna Ai xuất hiện như một ngôi sao chổi trong thế giới ảo, và trở nên nổi tiếng trong chớp mắt. Sau 5 năm liên tiếp giành được Lapin Doll tại Virtual Grid Awards, cô ấy đột ngột biến mất.
Aya Tachibana-một trong những học sinh trong lớp luôn làm mọi người khó chịu và bị ám ảnh,thậm chí còn nhiều hơn thế nữa. Một ngày, cô gia nhập “đội Tantei KZ” với bốn chàng trai rất phong cách riêng, cô và họ gặp nhau ở trường luyện thi.
Mirai, cô gái luôn mơ ước được tham gia vào CLB Thiên Văn khi mới bước vào cao trung, sau khi gặp một cậu bạn và hứa sẽ khám phá các tiểu hành tinh mới khi cô còn nhỏ. Nhưng khi cô vào học, CLB Thiên Văn đã bị xóa sổ vào một năm trước và bây giờ nó đã bị gộp lại chung với CLB Khoa Học Địa Cầu.