Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo
Từ rất lâu trước đây có một bộ tôc mạnh nhất Tribe of Gold đã kêu gọi các bộ tốc khác cùng bay vào vũ trụ. Nghe theo lời kêu gọi của họ gồm ba bộ tộc là Tribe of silver Tribe of bronze và Tribe of Hero Sau đó một bộ tộc cuối cùng là con người cũng bay vào vũ trụ và được gọi là Tribe of Iron
Câu chuyện lấy bối cảnh trong một thế giới thống trị bởi thần linh và quái vật, nơi con người bị hãm ép và phải lui vào đường tuyệt diệt. Trong một khu rừng của golem, người cai quản khu rừng và một cô gái loài người nhỏ bé đã gặp nhau. Và chuyến phiêu lưu của người cha nuôi cùng cô con gái của mình đã bắt đầu như thế.
Thiên thần Alexiel do hợp tác với yêu tinh mà bị thượng đế trừng phạt mà đầu thai làm con người là Sestuna Mudo và đem lòng yêu chính em gái của mình.Vì thế Mudo bị mọi người khinh rẻ,cả người mẹ cũng chối bỏ anh.Chỉ có Kỉra-senpai ở bên anh,nhưng Kira cũng không phải con người,và anh cũng mang trong mình 1 bí mật ....đáng thuơng ! Rosiel em trai của Alexiel không chịu được cảnh chị mình là Alexiel yêu người con gái khác nên muốn giết chết Sara.Cuối cùng để bảo vệ Sara Kira-senpai,thiên thần
Câu chuyện khởi đầu ở một tương lai xa, khi Trái Đất đã bị ô nhiễm đến không thể sinh sống, con người đã quyết định rời quê hương để di dân vào vũ trụ