Ngay khi hành tinh này tiến gần đến Thế chiến thứ ba, những cá nhân có siêu năng lực đã xuất hiện từ khắp nơi trên thế giới để duy trì hòa bình. Họ trở thành biểu tượng của quốc gia mình, nỗ lực hạn chế tội phạm và đưa những kẻ ác ra trước công lý.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Để đi xác minh xem điều này có thật hay không, Yuuto Suoh và cô bạn thời thơ ấu Mitsuki Shimoya đã đi đến ngôi đền ấy. Khi Yuuto đứng trước cái gương thần, cậu dùng điện thoại chụp một tấm hình, và ngay lập tức, cậu bị đưa sang một thế giới khác - một thế giới chứa đựng những bí ẩn của thần thoại Bắc Âu.
Đánh nhau, điều khiển robot, giải phóng quê hương đất nước. Sometime in the distant future, mankind is forced to live in domed cities while the rest of the world is left to recover from years of environmental hardships. In the Siberian Dome-polis, professional gamer Gainer Sanga and mercenary Gain Bijou commandeer an Overman and lead a mass exodus out of the city.
Câu chuyện của light novel tập trung vào phi đội số 666 vào năm 1983, 18 năm trước các sự kiện trong series light novel Muv-Luv Alternative: Total Eclipse. Cả hai đều là phần phụ truyện của visual novel Muv-Luv Alternative do hãng Age phát hành vào năm 2006.