tiếp nối phần 1 còn khá nhiều bỡ ngỡ và hấp dẫn khác, chính điều này mà các nhà phát hành đã cố gắng tạo ra sự đặc biệt hơn trong cách quản lý các trò chơi được tương tự như vậy được xây dựng trên cùng một nguyên tắc thúc đẩy không ngừng, vui vẻ hành động đóng gói.
Được chuyển thể từ manga cùng tên có nội dung được viết bởi tác giả Nisio Isin (Bakemonogatari). Nhân vật chính là Medaka, hội trưởng hội học sinh của trường, và các thành viên khác trong hội học sinh mà cô đã tuyển được. Nhiệm vụ của hội là giải quyết các vấn đề của học sinh trong trường, được gửi tới thông qua 1 hòm thư góp ý.sever gugo
The story is set in August of 2026 at the Fuji Training Facility. Natori Touko, a third-year middle school student in the Eastern Private Defense Academy, is entrenched in field training with instructor Kamiya. It has been a harsh training regiment, but it is finally the last day. Kamiya proposes a extracurricular class under the name Newest Weapons Research. But then, an incident occurs that rocks all of Japan.
Seigi một cậu bé trung học giỏi võ thuật luôn khao khát bảo vệ những người yếu đuối xung quanh cậu. Trong một lần vô tình giải cứu một người đàn ông vô gia cư khỏi đám côn đồ càn quấy, Seigi đã được người đàn ông đó trao tặng Dấu Ấn - Vũ khí tối mật được Mỹ phát triển đồng thời Seigi cũng bị cuốn luôn vào trận chiến giữa Mỹ và vương quốc Serinistan hùng mạnh.
Một ngày nọ, Digimon Xros Loader bỗng xuất hiện trước mặt Taiki, là 1 cậu bé có trái tim nhân ái, và nghe được tiếng kêu cứu của Shoutmon. Digimon Xros Loader có thể giúp cho Digimon tràn đầy năng lượng. Và Taiki được chọn làm General. Taiki và bạn mình rơi vào thế giới song song, thế giới số. Tại đó, xuất hiện những tên địch nhằm tiêu diệt Taiki và các bạn. Một cuộc chiến xảy ra, Taiki và Shoutmon với sức mạnh của Digimon Xros Loader chống lại kẻ địch.