Câu chuyện lấy bối cảnh vào giữa thời đại Muromachi, vào khoảng thập niên 70 của thế kỉ 15, sau trận chiến của Onin và Bunmei. Câu chuyện kể về Hyakkimaru - một chàng trai trẻ khi mới sinh ra là đã bị mất 48 bộ phận trên cơ thể
Cậu bé Takato Matsuda đã vô tình tạo ra 1 Digimon tên Guilmon sau khi quét 1 tấm bluecard bí ẩn vào thiết bị quét bài cầm tay sau đó thiết bị tự biến đổi thành D-Arc, một phiên bản của Digivice. Mọi chuyện bắt đầu khi các con thú từ thể giới ảo xâp nhập vào thế giới thực, khi đó Takato nhận ra rằng Digimon là có thật và không phải chỉ có mình cậu đang sở hữu một Digimon. Cùng với hai người đồng đội Ruki Matsuno và Lee Jenrya, Takato bắt đầu chuyến phiêu lưu tìm hiểu nguồn gốc của sự việc, đồng
Trong thời kỳ phong kiến của Nhật Bản, có một cuộc chiến giữa hai gia tộc ninja: Byakuro và Kabusu. Một đêm, Kabusu tổ chức một cuộc tấn công dữ dội vào lâu đài Byakuro với hy vọng bắt cóc công chúa trẻ sơ sinh của gia tộc.
Câu chuyện diễn ra tại một thế giới có những loài vật tên "Spiral" được sinh ra từ sự cô độc. Những người có khả năng đánh bại chúng được gọi là các "Period". Haru là một Period học việc trong Sư Đoàn 8 Arc End. Tuy nhiên, sau một vụ cướp bí ẩn, nền kinh tế bỗng sụp đổ, và trụ sở Arc End giải tán Sư Đoàn 8, để lại mỗi 3 Period, trong đó có Haru.
khi nên kinh tế thế giới ngày một tuột dốc không phanh vì một lũ tự xưng là Hạm đội Sương mù kiểm soát gần hết đường biển, anh main Chihaya Gunzou cùng Iona - Mental Mode của tàu I-401 và thủy thủ đoàn bắt đầu ra đi tìm đường cứu thân...ủa quên cứu nước.