Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Thanh niên Lập Trình Viên 29 tuổi Suzuki Ichirou thấy mình được đưa vào trong một trò chơi RPG giả tưởng. Trong trò chơi, anh ta là một thanh niên 15 tuổi tên là Satou. Lúc đầu, anh nghĩ mình đang mơ, nhưng những trải nghiệm của anh dường như thật
Câu chuyện xoay quanh Lloyd, một nhà thám hiểm mới vào nghề với ước mơ khám phá ra sức mạnh thực sự của mình mà cậu từng mơ ước, mặc dù lớn lên cùng những lời châm chọc của hàng xóm luôn coi mình là kẻ yếu kém.
Pokemon best wishes là câu chuyện mới nhất trong loạt phim hoạt hình Pokemon gắn liền với việc xuất hiện của Pokemon Black & White. Trong loạt phim này có nhiều sự thay đổi lớn, chẳng hạn Satoshi có thêm bạn đồng hành mới, nhóm Hỏa Tiễn trở nên chuyên nghiệp hơn, hệ thống Pokemon với tuyệt chiêu mạnh mẽ và đẹp mắt hơn. Sau khi khởi hành từ Takeshi và Hikari, Satoshi quyết định cuộc phiêu lưu của mình vào vùng đất của Isshu. Thực hiện các cuộc phiêu lưu mới của mình cùng pikachu và 2 người bạn
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).