Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
câu chuyện về những chuyến phiêu lưu của một thế giới hoàn toàn mới lạ với những khung cảnh đẹp như mơ.Những người bạn đồng hành cùng nhau trên chuyến hành trình này là những điều đáng ngạc nhiên, họ là cậu bé với lòng thích thú về một thế giới mới, những chú khủng long đồng hành và nhiều bạn động vật khác.
Apparently, Disillusioned Adventurers Will Save the World. Bốn nhà phiêu lưu đã từng bị phản bội và trải qua rất nhiều sóng gió cuộc đời. Họ tụ họp lại và hợp tác với nhau để có thể ‘giơ ngón giữa’ trước xã hội đương thời
Ma Vương Arnos, kẻ đã quá chán ngấy vì cảnh đối địch giữa nhân loại, tinh linh và thần linh. Vậy nên hắn đã quyết định sẽ hi sinh bản thân mình bằng cách dựng nên một bức tường ngăn cách nhân loại, tinh linh,... Chấm dứt một khoảng thời gian dài đối địch liên miên. Và hắn đã dự định sẽ đầu thai lại vào 2000 năm sau.
Năm tám tuổi, tôi nhận ra mình đã tái sinh thành boss cuối phản diện của Otome Game, Nữ hoàng Pryde. Cô ta rất mạnh vì là boss cuối, người sẽ chiến đấu với "các mục tiêu chinh phục". Với trí thông minh tuyệt vời của mình, cô ta đã trở thành công chúa độc ác, tàn bạo nhất trong lịch sử vương quốc