Câu chuyện kể về hai cô gái Escha và Chron, hai người có tính cách tương phản giống như mặt trời và mặt trăng. Hai cô gái đến từ Terminal, một thế giới hậu khải huyền trong tương lai trống rỗng và đơn sắc. Hai cô gái băng qua thế giới và đến ngày nay, họ gọi là Transit
Khi còn nhỏ, Makoto có một sức mạnh kì lạ cho phép cậu đọc được ký ức về thứ mà cậu chạm vào. Ẩn đi sức mạnh không thể kiểm soát của mình, Makoto làm việc trong lực lượng cảnh sát. Một ngày nọ, trong khi điều tra một vụ nổ tại một phòng thí nghiệm nghiên cứu một chất chưa biết tên là “XM”, Makoto ta thấy một ký ức bí ẩn.
Trong Khủng Hoảng Xianglong diễn ra vào năm 2031, Leon Lau đã tận mắt chứng kiến sự việc diễn ra.Lò Phản Ứng Lượng Tử, một lò phản ứng thế hệ mới để thay thế nguồn nguyên liệu thiên nhiên đang dần cạn kiệt, đã phát nổ và phóng ra một loại năng lượng bí ẩn
Tokyo năm 2030, tại một khu ngoại ô nọ bất ngờ xuất hiện một âm thanh lạ có tần số cao cùng với một màn sương màu đỏ che phủ. Bất kỳ ai nghe được thứ âm thanh này kể cả động vật đều mất đi ý thức.
Momo một nữ sinh cao trung tại thành phố Sorasaki. Nhưng đấy chỉ là vỏ bọc của cô thôi. Đằng sau thân phận học sinh, Momo chính là một điệp viên của cục tình báo Tsukikage - nơi bảo vệ thành phố và người dân. Dưới sự dẫn dắt của cấp trên Yuki và những người bạn của mình, họ cùng nhau duy trì trật tự hòa bình của thành phố này. Câu chuyện sẽ theo chân cuộc hành trình của 6 cô gái dũng cảm.