Câu chuyện xoay quanh về cuộc sống của cậu bé 14 tuổi Renton con trai của một vị anh hùng đã lập nên đất nước… cậu đã sống những ngày nhàm chán ở một thành phố với ông của cậu, nhưng mọi mọi thứ đã thay đổi kể từ khi cậu gặp cô bé tên Eureka người đã lái chiếc Nivarsh phiên bản Zero và đã phá tan căn phòng của cậu, sau đó là lực lượng chính phủ tấn công khu làm việc của ông cậu
Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Phần Phim này tập trung vào sự kiện cháy lớn tại Honnouji, nơi Oda Nobunaga, một trong những nhân vật quan trọng trong lịch sử Sengoku, bị phản bội và tự sát.
Sau khi chiến đấu trong cuộc chiến tranh giữa các vì sao, nhân loại hình thành Liên minh Galactic để mang lại sự ổn định và ngăn chặn xung đột giữa các hành tinh khác nhau. Tuy nhiên, tranh chấp giữa các thành viên của liên minh vẫn nổ ra. Tổ chức Galactic được thành lập để mang lại trật tự cho liên minh
Một ngày nọ, Takeru tỉnh dậy trên chiếc giường của mình và tin rằng mọi thứ mình thấy chỉ là một giấc mơ. Tuy nhiên, sự thật không như cậu nghĩ: cậu đã bị đưa về ngày đầu tiên khi cậu xuất hiện ở thế giới Unlimited, ngày 22 tháng 10 năm 2001.