Fate/kaleid Liner Prisma-Illya là spin-off của Fate/stay night, với Illyasviel von Einzbern là nhân vật chính, một nữ sinh bình thường. Một ngày nọ, cây gậy phép ruby của tohsaka Rin (Kaleido Ruby) chán chủ nên bay đến chọn Illya làm chủ nhân, cùng lúc đó, cây gậy của Luvia (Kaleido shapphire ) cũng chọn chủ mới là bạn học của Illya.
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu may mắn nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không ngờ đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với cô bạn xinh đẹp Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển sang bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định tiếp tục theo học để được ở lại
Câu chuyện diễn ra trên 1 hòn đảo nhỏ Regalo, tại đây hòn đảo được bảo vệ bởi 1 nhóm người có tên Arcana Famiglia, gồm các thành viên có năng lực siêu nhiên. Vào ngày kia có 1 cô gái 16 tuổi tên là Felicita đến gặp cha cô, là người đứng đầu Arcana Famiglia. Cô được cha cho gia nhập vào nhóm “Serie of Sword”, và cô được gặp gỡ với những thành viên đẹp trai khác
Vào ngày cuối của năm học, Ichika Tachibana 14 tuổi tình cờ gặp một cô gái bước ra từ trong gương.
Miyu bỗng bị bắt trở về quê nhá của mình, và Illya phải lết xác sang thế giới song song để giải cứu cô bạn của mình. Lại chuẩn bị đón chờ những màn action cực đã mắt của bộ này thôi nào!!