Câu chuyện diễn ra với bối cảnh cận trung cổ, khi các phù thủy đều bị giáo hội săn lùng vào thiêu sống. Gái đẹp thiên tài ma nữ Zero cùng cùng chàng linh đánh thuê người thú hóa lên đường đi tìm lại quyển Book of Zero, vốn do gái đẹp Zero viết ra nhằm khiến thế giới tốt đẹp hơn nhưng lại bị sử dụng sai mục đích ban đầu
Hai mươi năm trước, một tiểu hành tinh trên đường tiến đến Trái đất đã phá hủy Sao Diêm Vương, khiến các tiểu hành tinh trong quỹ đạo Sao Diêm Vương (gọi là Thanatos) tạm thời trì trệ.
Masaki Hinaoka, người lớn lên gần bờ biển Ooarai ở tỉnh Ibaraki, gặp một học sinh chuyển trường Shou Akitsuki trước kỳ nghỉ, người đã giới thiệu cậu vào thế giới lướt sóng. Thông qua việc lướt sóng, Masaki gặp những người bạn chí cốt và trải qua cuộc chia tay khi anh trưởng thành.
Ushio Hinomaru, một cậu học sinh năm nhất "nhỏ con", không phải thiên tài xuất chúng, không có may mắn trời ban cũng không xuất thân gia thế, chỉ có NGHỊ LỰC và KHỔ LUYỆN.
Có những người có thể đi vào tâm trí của mọi người và kiểm soát ký ức của họ. Sức mạnh này được sử dụng để xóa bỏ những bí ẩn và vụ án hoặc tệ hơn là ám sát.