Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
Câu chuyện xoay quanh về kinh doanh thẻ game Ange Vierge theo như những gì xảy ra sau khi các cánh cổng “Hairou” đột nhiên mở ra, gộp 3 thế giới lại với nhau. Kết quả là, nhiều bí ẩn “Exceed” quyền hạn được đánh thức ở các bé gái tuổi teen.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Vào đầu truyện, một nữ sinh mang tên Momomiya Ichigo tham gia một buổi triển lãm về các sinh vật đang bị đe dọa tuyệt chủng với người bạn học mà cô thầm thương, Aoyama Masaya. Một trận động đất xảy ra và một luồng sáng kỳ lạ chiếu vào Ichigo cùng với bốn cô gái khác. Tiếp đó một chú mèo xuất hiện và nhập vào cơ thể Ichigo. Ngày hôm sau cô đột nhiên có những hành động, thái độ giống như mèo, ví dụ như Ichigo đột nhiên chộp lấy con cá trong căng tin, hoặc khi Ichigo ngã từ trên cao xuống thì cô
Sakura nay đã 14 tuổi và bắt đầu đi học Trung học cùng với bạn bè, trong đó có Syaoran, người vừa trở về Tomoeda. Sau khi trong giấc mơ xuất hiện một người mặc áo choàng bí ẩn, tất cả những lá bài của Sakura trở nên trống rỗng và trở nên vô dụng, và vì thế cô bắt đầu nhiệm vụ đi điều tra đã có chuyện gì xảy ra.